La saison 1998-1999 du Championnat d'Indonésie de football est la cinquième édition du championnat de première division en Indonésie. La Premier Division regroupe vingt-huit équipes et se déroule en plusieurs phases :
les clubs sont répartis en cinq poules géographiques et s'affrontent deux fois, à domicile et à l'extérieur. Les deux premiers de chaque groupe se qualifient pour le deuxième tour, le dernier participe au barrage de relégation.
les dix qualifiés sont répartis en deux groupes de cinq et s'affrontent une seule fois. Les deux premiers obtiennent leur billet pour la phase finale.
la phase finale est jouée sous forme de matchs à élimination directe (demi-finales et finale).
C'est le club de PSIS Semarang qui remporte le championnat cette saison après avoir battu en finale Persebaya Surabaya. C'est le tout premier titre de champion d'Indonésie de l'histoire du club.
Quatre des cinq équipes ayant terminé à la dernière place des poules s'affrontent en matchs aller-retour pour connaître les deux clubs qui se maintiennent parmi l'élite. La cinquième équipe, Persiba Balikpapan, est directement reléguée sans pouvoir passer par les barrages.
↑En l'absence de Coupe, c'est le finaliste du championnat, Persebaya Surabaya, qui obtient son billet pour la prochaine édition de la Coupe des Coupes.
Un championnat parallèle (Indonesian Super League) est créé entre 2011 et 2013, en marge du seul championnat officiellement reconnu, l'Indonesian Premier League. Le championnat est abandonné lors de la saison 2015.